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Das Sachgebiet 51 der Regierung arbeitet dafür, die Vielfalt der Tier- und Pflanzenwelt in Niederbayern zu erhalten und die Schönheit der Landschaft in der Region zu bewahren. Die Mitarbeiter entwickeln unter anderem Konzepte zur Pflege von Naturschutzgebieten und organisieren Naturschutzgroßprojekte oder Projekte zum Schutz bedrohter Arten. Sie arbeiten am Aufbau des europäischen Schutzgebietsnetzes Natura 2000 mit. Und sie beurteilen beispielsweise Förderanträge, Eingriffe oder Anträge auf Befreiung von Verboten in Naturschutzgebieten.
Außerdem ist dieses Sachgebiet Ansprechpartner für die Landratsämter, Städte und Gemeinden bei allen Fragen rund um den Naturschutz.