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Der Bereich 5 ist schwerpunktmäßig mit den Aufgaben aus den Ressorts des Bayerischen Staatsministeriums für Umwelt und Verbraucherschutz und des Bayer. Staatsministeriums für Gesundheit und Pflege betraut.
Das Sachgebiet Rechtsfragen Umwelt befasst sich mit den vielfältigen rechtlichen Belangen von Naturschutz und Landschaftspflege sowie des technischen Umweltschutzes. Es führt Schutzgebietsverfahren durch und setzt die Förderprogramme zu Naturschutz und Landschaftspflege um. Weitere Aufgabenschwerpunkte sind das Abfallrecht einschließlich Abfallverbringung, das Immissionsschutz-, Wasser-, Bodenschutz- und Gentechnikrecht. Darunter fallen auch Planfeststellungen und Genehmigungen für Abfallbeseitigungsanlagen, gesteuerte Flutpolder, Rohrleitungen für wassergefährdende Stoffe, Kraftwerke, Tierkörperbeseitigungsanlagen und gentechnische Anlagen. Daneben ist das Sachgebiet zuständig für die Aufsicht über die kommunale Abfallentsorgung einschließlich der Gebühren.
Korrespondierend zu den Aufgaben dieses Rechtssachgebietes gibt es die Fachsachgebiete Naturschutz und Technischer Umweltschutz. Hier werden die fachlichen Begutachtungen als wesentliche Entscheidungsgrundlagen erarbeitet. Dem Sachgebiet Technischer Umweltschutz obliegt weiterhin die Überwachung z.B. von Kraftwerken und die Durchführung von Kontrollmaßnahmen auf dem Gebiet der grenzüberschreitenden Abfallverbringung.
Das Sachgebiet Wasserwirtschaft ist zuständig für alle mit Wasserwirtschaft und Wasserbau zusammenhängenden Fragen. Beispielhaft genannt seien Prüfung, Finanzierung und Überwachung wasserwirtschaftlicher Vorhaben, die Erstellung wasserwirtschaftlicher Fachplanungen, der Hochwassernachrichtendienst.
Das Sachgebiet Rechtsfragen Gesundheit und Verbraucherschutz befasst sich mit den vielfältigen Rechtsfragen zum öffentlichen Gesundheitswesen, Pharmazie, Veterinärwesen, Lebensmittelhygiene und den Verbraucherschutz. Es fördert u.a. Projekte zum Gesundheitsschutz und zur Prävention, erteilt Ärzten, Zahnärzten, Tierärzten, Apothekern, Psychologischen Psychotherapeuten und Kinder- und Jugendlichenpsychotherapeuten die zur Berufsausübung erforderlichen Approbationen oder Berufserlaubnisse, und führt die Berufsaufsicht über diese Heilberufsangehörigen. Weitere Schwerpunkte sind die Anerkennung von Ausbildungsstätten für Psychotherapeuten, die Organisation der staatlichen Prüfungen für Psychologische Psychotherapeuten und Kinder- und Jugendlichenpsychotherapeuten, Apotheker und Ärzte, die Genehmigung von Tierversuchen, lebensmittelrechtliche Zulassungen und arzneimittelrechtliche Großhandelserlaubnisse.
Korrespondierend zu den Aufgaben des Rechtssachgebietes gibt es die drei Fachsachgebiete Gesundheit, Pharmazie und Verbraucherschutz-Veterinärwesen.
Das Sachgebiet Gesundheit ist schwerpunktmäßig zuständig für die Bereiche Infektions-, Krankenhaus- und Umwelthygiene einschl. Trink- und Badewasserhygiene, Gutachtenwesen, Kinder- und Jugendgesundheitspflege. Weitere wichtige Aufgaben sind die Durchführung von staatlichen Prüfungen und die Erteilung von Erlaubnissen für die Heilhilfsberufe, die Begutachtung der Dienstfähigkeit von Beamten und Richtern des Freistaates Bayern, medizinische Fachfragen der Krankenhausfinanzierung sowie der Bereich Gesundheitshilfe, Gesundheitsförderung, Schwangerschaftsberatung und Prävention.
Das Sachgebiet Pharmazie ist u.a. zuständig für den Vollzug des Arzneimittelgesetzes (AMG), des Transfusionsgesetzes (TFG) und des Transplantationsgesetzes (TPG). Das Sachgebiet überwacht in diesem Zusammenhang Betriebe und Einrichtungen, die Human- und Tierarzneimittel sowie Wirkstoffe und andere zur Arzneimittelherstellung bestimmte Stoffe herstellen und prüfen, einführen oder die Humanarzneimittel klinisch prüfen. Weitere Aufgaben sind u.a. die Überwachung von pharmazeutischen Unternehmern und Großhändlern nach dem AMG, von Krankenhausapotheken nach dem Apothekengesetz sowie von nichtaktiven Medizinprodukten nach dem Medizinproduktegesetz (MPG).
Diese Aufgaben werden durch das Sachgebiet Pharmazie in den Regierungsbezirken Oberbayern, Niederbayern und Schwaben wahrgenommen. Ebenso gehört der Vollzug der Bundesapothekerordnung (BApO) und die Approbationsordnung für Apotheker (AAppO) zu den Aufgaben des Sachgebiets.
Das Sachgebiet Verbraucherschutz und Veterinärwesen befasst sich unter anderem mit der Verhütung und Bekämpfung von Tierseuchen, dem Tierschutz einschließlich der Tierversuche, mit Fragen der Überwachung der Hygiene von Lebensmittelbetrieben auf der Basis des gültigen Lebensmittelrechts, der Überwachung des Verkehrs von tierischen Nebenprodukten sowie des Verkehrs mit Tierarzneimitteln auf der Stufe der tierärztlichen Hausapotheken.
Das Sachgebiet Futtermittelüberwachung Bayern ist als Ausgangs- und Widerspruchsbehörde zuständig für die Futtermittelkontrolle in ganz Bayern. Unter Vorgaben des Nationalen Kontrollplanes und Erstellen einer Risikoanalyse werden auf allen Ebenen Futtermittelproben gezogen, Befunde ausgewertet, Bücher geprüft und die notwendigen Maßnahmen ergriffen.
Die Verwaltungsstelle der Biosphärenregion Berchtesgadener Land ist seit 01.01.2006 organisatorisch dem Bereich 5 zugeordnet.
Die Gruppe Landwirtschaft und Forsten - Hochwasserschutz ist eine eigenständige Einheit, die unmittelbar dem Präsidium unterstellt ist, mit fachlicher Anbindung an den Bereichsleiter 5.