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Das Sachgebiet 54 der Regierung nimmt eine Vielzahl von Aufgaben aus dem Bereich des gesundheitlichen Verbraucherschutzes bei Lebensmitteln, der Tierseuchen- und Zoonosenbekämpfung, des Tierschutzes, der tierischen Nebenprodukte und der Tierarzneimittel wahr.
Das Sachgebiet ist zuständig für die Verhütung und Bekämpfung von auf Tiere übertragbaren Krankheiten, die Koordination landkreisübergreifender Tierseuchen-Bekämpfungsmaßnahmen sowie die fachliche Aufsicht und Beratung der nachgeordneten Veterinärbehörden auf Kreisverwaltungsebene. Auch die fachliche Zuständigkeit zur Zulassung und Kontrolle von Schlachthäusern, Be- und Verarbeitungsbetrieben für Milcherzeugnisse sowie bestimmte tierische Nebenprodukte ist Aufgabe des Sachgebiets 54. Tierärzte können hier darüber hinaus die Anerkennung zum Führen der Weiterbildungsbezeichnung im Gebiet "Öffentliches Veterinärwesen" beantragen.
In seiner Aufsichtsfunktion über die staatliche Veterinärverwaltung in der Region und als Organ des gesundheitlichen Verbraucherschutzes in Bayern sorgt dieses Sachgebiet dafür, dass veterinärrechtliche Vorgaben in ganz Niederbayern einheitlich umgesetzt werden.